В содержимое файла index.php впишите код приведенный ниже:
<script language='JavaScript1.1' type='text/javascript'>
<!--
   function del()
   {
     if(confirm("Вы хотите удалить содержимое файла text.txt?"))
     {
       return true;
     }
     else
     {
       return false;
     }
   }
//-->
</script>
<a href=del.php onClick='return del()'>Удалить</a>

В содержимое файла del.php впишите код приведенный ниже:
<?php
  // Имя файла
  $filename = "text.txt";
  // Открываем файл
  $fd = fopen($filename, "w");
  // Обнуляем файл
  fwrite($fd, "");
  // Закрываем файл
  fclose($fd);
?>
<script language=\"JavaScript\">
  window.location.href = \"index.php\"
</script>